Ao tentar criar uma conexão, me deparei com um erro quando tentava armazenar a senha.
Depois de muito pesquisar identifiquei que se tratava do apparmor, um serviço que garante ou remove privilégios de programas.
O mysql-workbench foi instalado pela Loja do Ubuntu no diretório /snap.
Depois de tentar criar uma entrada pelo apparmor vi uma solução mais simples.
Na apresentação do aplicativo na loja tem as opções de permissões. Depois de acessá-la foi só garantir ao programa a letira/edição de senhas.